项目与上下文管理

先确定项目目录，再创建任务

建议为一项研究选择一个稳定的本地项目目录。需要操作本地文件时，从这个目录打开任务；使用 Git worktree 时，也应从该项目仓库创建。对话记录可以帮助恢复讨论背景，但代码、实验记录、结果位置和论文材料仍应由项目目录及其版本记录管理。

开始一项本地任务前，可以按下面的顺序检查：

1. 这是已有项目时，找到原来的项目目录，不要为同一项目再建一份副本。
2. 这是新项目时，先选定明确路径，并记录研究主题、主要文件入口和当前阶段。
3. 确认需要使用的 Git 仓库，再从该目录启动 ChatGPT 或 Codex 任务。
4. 任务结束后，把需要保留的修改、运行结果和下一步写回项目文件或版本记录，不依赖对话历史作为唯一记录。

短暂的问题讨论或一次性试验可以使用临时目录。如果其中产生了需要继续使用的代码或结果，应在下一步工作前将它们纳入正式项目目录，并记录来源。

已有项目先检查现状：哪些文件在用，哪些结果需要保留，是否已有 Git 仓库、论文仓库或远程运行目录。不要仅因为目录不整齐就立即搬动文件，先确认脚本和合作者是否依赖原来的路径。

请使用 research-workspace-governance，检查【研究项目绝对路径】的目录和仓库关系。

先读取项目现有说明与有效的工作区约定，列出代码、实验记录、数据、论文和规划文件的位置。
检查各 Git 仓库、分支和远端是否与各自用途一致，并指出重复记录或来源不清楚的材料。
请给出需要调整的位置、理由、可能受影响的脚本或合作者，以及如何保留原有内容。
本次只检查，不搬动、删除文件，不改远端，不建立 HPC 连接。

项目目录与文件用途

下面是一种参考分工。目录名可以按项目调整，重点是知道每种材料保存在哪里、由哪个仓库管理。

不需要一开始创建所有目录。尚未使用 HPC 或开始写论文时，可以先维护本地代码和研究记录。

使用工作区治理 Skill

research-workspace-governance 用于明确项目目录、仓库和同步范围。它以项目中的 PROJECT-WORKSPACE.md 记录约定，本地项目是基础，论文仓库和 HPC 都是可选配置。

普通目录不会因为内容与科研有关就自动成为受管工作区。需要采用这套做法时，明确请 Agent 为指定项目初始化；不要把通用聊天目录当成研究项目。工作区约定说明

请在【明确的新研究项目路径】使用 research-workspace-governance，建立本地研究工作区。
研究主题：【主题】
当前阶段：【阶段】

先确认目标路径确实是这个研究项目的长期目录；不要把聊天自动生成的目录、临时工作区或未确认的当前目录当成项目根目录。
检查目录内已有内容和 Git 状态，保留现有文件。
按当前 Skill 的模板创建项目说明和有效的 PROJECT-WORKSPACE.md，记录代码、配置和实验记录的位置。
本次只配置本地工作区，论文仓库和 HPC 暂不启用。
请检查生成内容，并说明接下来从哪个文件了解项目、从哪个位置记录实验。
如果需要改变已有目录或项目标识，先列出具体影响。

已有项目先使用上一节的检查指令，再确定如何调整。如果项目已有其他可用的管理方式，可以继续沿用，只补充缺失的信息。

分别管理研究与论文仓库

研究仓库通常保存代码、实验设置和记录；论文仓库保存 LaTeX、图表、表格与参考文献。如果论文通过 Overleaf Git 同步，建议将它作为独立仓库。

当 paper/ 位于研究目录内时，在研究仓库中排除这份独立仓库，并记录它的位置与对应版本。不要把整个研究仓库的远端改成 Overleaf，也不要把嵌套仓库误当成普通文件夹提交。

采用工作区治理 Skill 时，可以用其论文关联文件记录两个仓库的关系。除非团队决定使用 Git submodule，否则不必额外引入这一层管理方式。论文仓库配置

日常操作时，让 Agent 先说明它正在处理哪个仓库、哪个分支和哪个远端。论文同步的步骤见 Git 与 Overleaf。

保存跨会话的工作状态

一个任务需要多次会话或同时处理多个部分时，可以使用 planning-with-files。其常见文件包括：

项目已有类似文件时，先复用现有记录。文件名称可以按实际安装版本和项目约定调整，不必再保存一份内容相同的副本。

请在【项目目录】继续【当前任务】，使用 planning-with-files 维护已有规划记录。

先读取项目说明、task_plan.md、findings.md、progress.md，或项目已有的等效文件。
结合实际文件确认：已经完成的工作、结果位置、仍未验证的判断，以及下一步任务。
如记录与实际状态不符，先指出差异，不把计划中的结果记为已完成。
本次处理【具体范围】，完成后更新已有记录；不要另建一套重复的计划文件。

结束一段工作时，记录已完成的内容、结果位置、仍未验证的判断和下一步。只写“继续实验”通常不足以恢复工作，可以补充具体实验、对应配置以及要确认的问题。

向合作者共享进展

本地计划保存执行细节，共享进展用于让导师和合作者了解研究状态。获得新结果、遇到阻碍或需要共同决定下一步时，再整理相应摘要。

共享记录应链接到合作者能访问的材料。实验数据如果受限，可以只共享适合公开的摘要，并说明原始材料由谁维护。

需要 HPC 时再配置同步

当项目开始使用远程计算时，再补充服务器别名、执行目录、上传范围和结果返回方式。建议上传需要运行的代码和配置，返回指标、运行清单及必要日志；数据、模型权重和缓存按存储条件单独管理。

可以为项目确定一个稳定的短名称，并让本地目录与远程项目子目录使用同一名称。Conda 环境可以沿用该名称；使用 uv 或 pip 时，在项目中使用独立 .venv，并由依赖文件在远程设备上重建。

工作区治理项目将 HPC 作为执行副本来管理，具体连接和作业操作由相应的 HPC 工具处理。目录管理完成并不代表已经取得服务器访问或计算权限。远程同步范围

参考来源

• Research-Workflow-Skills
• 项目工作区约定
• planning-with-files